La historia se centra en un joven llamado Natsume Takashi. Natsume en apariencia sólo es un chico normal, pero tiene la habilidad de ver espíritus lo cual lo diferencia de los demás. Un día hereda un libro extraño que le pertenecía a su abuela Reiko, quien también podía ver espíritus. El libro era utilizado por su abuela para intimar a los ayakashi a firmar un contrato y pertenecer a él. Ahora Natsume está determinado a liberar a los espíritus y disolver dichos contratos. Todo esto acompañados de divertidas situaciones y aventuras, mas de alguna te conmovera.